COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 14.763003 14.763003 17.343963
2021-01-20 17:00:00 14.712068 14.712068 17.887025
2021-01-19 17:00:00 14.603303 14.603303 18.623792
2021-01-18 17:00:00 18.053680 18.053680 19.506182
2021-01-17 17:00:00 18.835488 18.835488 20.418493
2021-01-16 17:00:00 19.196140 19.196140 21.382634
2021-01-15 17:00:00 19.961674 19.961674 22.401514

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 3.239114 12.511065 12.749184
2021-01-20 17:00:00 4.390935 16.991474 13.453316
2021-01-19 17:00:00 6.468231 6.468231 13.909013
2021-01-18 17:00:00 1.353745 6.654229 14.447140
2021-01-17 17:00:00 17.723881 17.723881 15.331083
2021-01-16 17:00:00 11.936663 11.936663 15.854626
2021-01-15 17:00:00 16.382253 16.382253 16.596100

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 21.771218 21.771218 20.422151
2021-01-20 17:00:00 15.200000 15.200000 20.067395
2021-01-19 17:00:00 18.126888 18.126888 19.486013
2021-01-18 17:00:00 21.212121 21.752266 20.091495
2021-01-17 17:00:00 18.421053 18.421053 20.300733
2021-01-16 17:00:00 28.712871 28.712871 21.119713
2021-01-15 17:00:00 19.306931 19.306931 22.158673

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 10.960068 10.960068 12.687955
2021-01-20 17:00:00 12.848933 12.848933 12.477826
2021-01-19 17:00:00 8.925234 13.294393 12.317935
2021-01-18 17:00:00 16.699282 11.213316 12.438099
2021-01-17 17:00:00 17.790167 17.790167 12.545269
2021-01-16 17:00:00 10.966543 10.966543 12.642791
2021-01-15 17:00:00 17.739816 12.724485 12.783840

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 10.189534 10.189534 11.713816
2021-01-20 17:00:00 10.223912 10.223912 11.721032
2021-01-19 17:00:00 12.445039 20.254253 11.832322
2021-01-18 17:00:00 15.616798 15.616798 12.024653
2021-01-17 17:00:00 8.621126 8.621126 12.112773
2021-01-16 17:00:00 9.821274 9.821274 12.433889
2021-01-15 17:00:00 12.772101 12.772101 12.780149

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 28.833552 28.833552 28.954958
2021-01-20 17:00:00 23.705959 23.705959 29.093891
2021-01-19 17:00:00 26.969223 22.710301 29.985599
2021-01-18 17:00:00 44.483025 25.351803 31.026650
2021-01-17 17:00:00 31.526986 31.526986 31.812858
2021-01-16 17:00:00 36.807388 36.807388 32.725283
2021-01-15 17:00:00 39.911012 39.911012 34.052312

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 10.233645 10.233645 17.255026
2021-01-20 17:00:00 9.986625 20.908525 18.403271
2021-01-19 17:00:00 11.078575 11.078575 19.586638
2021-01-18 17:00:00 17.465753 17.465753 20.740091
2021-01-17 17:00:00 18.527430 18.527430 22.174107
2021-01-16 17:00:00 27.069073 27.069073 24.084674
2021-01-15 17:00:00 24.979614 24.979614 25.858314

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 7.986026 7.986026 11.241104
2021-01-20 17:00:00 7.855040 7.855040 12.098265
2021-01-19 17:00:00 7.267442 7.267442 13.005823
2021-01-18 17:00:00 12.214596 17.957697 13.944046
2021-01-17 17:00:00 13.104902 13.104902 15.189067
2021-01-16 17:00:00 8.486694 17.957697 16.429712
2021-01-15 17:00:00 8.604938 19.757636 17.879638

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 9.211524 9.211524 11.983269
2021-01-20 17:00:00 11.150235 11.150235 12.829501
2021-01-19 17:00:00 7.316314 7.316314 13.380430
2021-01-18 17:00:00 23.974476 23.974476 14.042539
2021-01-17 17:00:00 14.700193 14.700193 15.057390
2021-01-16 17:00:00 13.999128 13.999128 16.436465
2021-01-15 17:00:00 11.498416 11.498416 17.686799

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 23.312115 23.312115 21.839954
2021-01-20 17:00:00 20.745328 20.745328 22.033424
2021-01-19 17:00:00 20.217391 22.665612 22.129729
2021-01-18 17:00:00 22.825878 13.747254 22.442781
2021-01-17 17:00:00 22.251527 22.251527 23.178772
2021-01-16 17:00:00 24.673373 24.673373 23.810503
2021-01-15 17:00:00 24.066798 24.066798 24.427816

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 11.091393 11.091393 10.685585
2021-01-20 17:00:00 8.552092 8.552092 10.763882
2021-01-19 17:00:00 14.469972 8.901562 11.005889
2021-01-18 17:00:00 10.797799 11.227354 11.032832
2021-01-17 17:00:00 10.610080 10.610080 11.425385
2021-01-16 17:00:00 11.150491 11.150491 11.816517
2021-01-15 17:00:00 16.050013 16.050013 12.137179

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 6.601942 6.601942 7.476499
2021-01-20 17:00:00 6.345476 6.345476 7.879195
2021-01-19 17:00:00 4.972376 4.972376 8.026470
2021-01-18 17:00:00 11.036789 11.036789 8.207755
2021-01-17 17:00:00 11.494253 11.494253 8.615975
2021-01-16 17:00:00 10.598111 4.092340 8.745345
2021-01-15 17:00:00 6.500000 6.500000 9.028999

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 70.049505 70.049505 67.326471
2021-01-20 17:00:00 71.707317 71.707317 64.968257
2021-01-19 17:00:00 137.539432 137.539432 62.590710
2021-01-18 17:00:00 40.243902 40.243902 60.587752
2021-01-17 17:00:00 37.884379 37.884379 59.037667
2021-01-16 17:00:00 81.178396 81.178396 57.103067
2021-01-15 17:00:00 76.334776 76.334776 55.155599

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 42.268041 42.268041 NaN
2021-01-20 17:00:00 85.802469 85.802469 NaN
2021-01-19 17:00:00 22.448980 45.833333 NaN
2021-01-18 17:00:00 28.717949 28.717949 NaN
2021-01-17 17:00:00 45.608108 45.608108 59.895073
2021-01-16 17:00:00 68.131868 68.131868 58.391547
2021-01-15 17:00:00 120.666667 120.666667 57.530379

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 15.575113 15.575113 18.003247
2021-01-20 17:00:00 15.760728 15.760728 18.945637
2021-01-19 17:00:00 12.346956 12.346956 19.866450
2021-01-18 17:00:00 18.354430 18.354430 20.734979
2021-01-17 17:00:00 22.540984 22.540984 21.763745
2021-01-16 17:00:00 15.348837 30.742358 22.553971
2021-01-15 17:00:00 17.973586 17.973586 23.414967

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 35.056365 35.056365 26.212060
2021-01-20 17:00:00 27.995169 27.995169 26.166041
2021-01-19 17:00:00 16.585366 16.585366 26.344634
2021-01-18 17:00:00 19.572608 27.125604 26.292147
2021-01-17 17:00:00 66.229030 22.587065 26.987610
2021-01-16 17:00:00 28.794872 28.794872 27.564981
2021-01-15 17:00:00 23.067332 23.067332 27.889011

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 5.970898 5.970898 8.627325
2021-01-20 17:00:00 6.670784 6.670784 8.778010
2021-01-19 17:00:00 4.885701 10.555805 9.002250
2021-01-18 17:00:00 10.044313 17.208272 9.252520
2021-01-17 17:00:00 6.934432 6.934432 9.572307
2021-01-16 17:00:00 11.878631 7.682376 9.836085
2021-01-15 17:00:00 14.631401 14.631401 10.033218

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 21.068859 21.068859 25.717392
2021-01-20 17:00:00 24.229578 24.229578 26.284905
2021-01-19 17:00:00 27.336332 27.336332 26.752936
2021-01-18 17:00:00 25.437898 20.838089 26.991772
2021-01-17 17:00:00 26.384305 26.384305 27.293831
2021-01-16 17:00:00 31.465378 31.465378 27.601742
2021-01-15 17:00:00 30.794807 30.794807 27.873900

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 9.011107 7.703332 9.515338
2021-01-20 17:00:00 8.234201 8.234201 9.829076
2021-01-19 17:00:00 5.736729 10.235658 10.027089
2021-01-18 17:00:00 13.013957 13.013957 10.389685
2021-01-17 17:00:00 8.414508 8.414508 10.640890
2021-01-16 17:00:00 8.697387 8.697387 11.018184
2021-01-15 17:00:00 15.743029 15.743029 11.429637

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 21.882173 21.882173 18.642966
2021-01-20 17:00:00 21.776730 21.776730 18.998227
2021-01-19 17:00:00 18.277823 18.277823 18.840796
2021-01-18 17:00:00 43.119266 8.340728 18.201962
2021-01-17 17:00:00 15.470172 15.470172 18.559483
2021-01-16 17:00:00 21.384206 21.384206 18.792326
2021-01-15 17:00:00 23.819302 23.819302 18.817688

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 27.419355 27.419355 23.563183
2021-01-20 17:00:00 13.861386 13.861386 23.469002
2021-01-19 17:00:00 36.170213 18.617021 23.078243
2021-01-18 17:00:00 15.942029 26.086957 23.437873
2021-01-17 17:00:00 34.615385 34.615385 23.843611
2021-01-16 17:00:00 46.511628 46.511628 23.644675
2021-01-15 17:00:00 28.985507 28.985507 23.841406

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-21 17:00:00 31.207218 31.207218 41.164166
2021-01-20 17:00:00 37.729039 37.729039 42.210901
2021-01-19 17:00:00 31.162488 31.162488 43.374004
2021-01-18 17:00:00 54.714912 54.714912 44.664587
2021-01-17 17:00:00 57.715008 57.715008 45.923204
2021-01-16 17:00:00 59.944065 59.944065 48.203190
2021-01-15 17:00:00 26.688103 26.688103 50.546770

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.239114 12.511065 12.749184
Basilicata 21.771218 21.771218 20.422151
Calabria 10.960068 10.960068 12.687955
Campania 10.189534 10.189534 11.713816
Emilia-Romagna 28.833552 28.833552 28.954958
Friuli Venezia Giulia 10.233645 10.233645 17.255026
Lazio 7.986026 7.986026 11.241104
Liguria 9.211524 9.211524 11.983269
Lombardia 23.312115 23.312115 21.839954
Marche 11.091393 11.091393 10.685585
Molise 6.601942 6.601942 7.476499
P.A. Bolzano 70.049505 70.049505 67.326471
P.A. Trento 42.268041 42.268041 NaN
Piemonte 15.575113 15.575113 18.003247
Puglia 35.056365 35.056365 26.212060
Sardegna 5.970898 5.970898 8.627325
Sicilia 21.068859 21.068859 25.717392
Toscana 9.011107 7.703332 9.515338
Umbria 21.882173 21.882173 18.642966
Valle d'Aosta 27.419355 27.419355 23.563183
Veneto 31.207218 31.207218 41.164166

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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